（一）查账是前提。在审计过程中，通过查阅明细账及相关凭证，可以确定需要重点审计的成本费用，并发现使用不规范发票的问题线索，要特别关注被审计单位科研课题经费、基本建设项目、会议费、培训费、办公费等支出中以会议费、咨询费、设备购置、工程购建和修缮、办公用品等名义报销且金额较大的发票。一是对于会议费、培训费、咨询费等发票，主要是查看会议记录、培训计划、咨询合同及报告等书面材料，判断业务真伪，必要时找相关人员访谈予以证实。二是对于设备购置、工程购建和修缮、办公用品等发票，根据发票数量核对是否签订合同，验证这些实物是否存在，包括核对物品的品名、规格、数量、单价及新旧程度，根据购买量与实际业务需要进行分析，追踪实物的去向，以佐证发票真伪。三是要关注税务局代开的大额劳务费、租车费、运费、代理费发票，核实业务真实性，关注被审计单位有无使用虚假合同虚开发票入账以套取资金的问题。四是通过核查发票的填报内容，也可以发现“李代桃僵”发票、“张冠李戴”发票、“偷梁换柱”发票等使用不规范的发票。
　　（二）检验显真功。在审计过程中，通过检验发票，可以发现私自印制、伪造、变造发票线索，是一种较为直观的虚假发票鉴定方法，主要依赖审计人员的实践经验。一是从发票本身看，虚假发票主要表现为：纸张绵软发脆、油墨色泽暗淡偏差较大；字迹模糊不清、字间距不成比例；发票代码和发票号码为直接印刷，无层次感、立体感。二是从发票印章上看，虚假发票主要表现为：印章模糊不清或无印章；印章特别清晰，有违使用常理；发票上加盖了发票专用章以外的其他印章。三是从发票代码上看，虚假发票主要表现为：开票单位所在地与地区代码对应的地市不一致；代码显示年份在实际发票开具时间之后；跨行业开具发票；票面最高开票限额与代码显示不一致。四是从发票号码上看，虚假发票主要表现为：被审计单位从某一购货单位开具的购货发票，号码是连续的，但日期却先后颠倒或相差甚远；发票号码是同一本上的发票，而印章却是不同的销货单位；被审计单位同一天从某销货单位开具购货内容相同发票，但发票号码相差甚远或不是出自同一本发票。五是从发票复写上看，虚假发票主要表现为：发票字迹、笔体、笔画的粗细、压痕不一致；有用药剂褪色、橡皮擦、小刀刮等涂改痕迹；有用钢笔或圆珠笔填写等现象。
　　（三）查询发现疑点。目前，大多数省份国税和地税部门都建立了发票辨伪查询系统，开放了12366纳税服务热线及税务网站，为查询人提供辨别发票真伪的信息查询服务。语音电话查询时，查询人只需拨打12366语音电话，按照语音提示，输入需查询的发票号码、发票代码等信息，语音电话将自动告之此发票的真伪。网络查询一般程序为：网上登录各开票所属地税务网站→首页办税服务厅→查询区→发票真伪查询→如实填写纳税人识别号、发票代码、发票号码等相应内容→查找→出现查询结果。通过网络或电话查询，审计人员虽然能方便、快捷发现有疑点的发票，但也存在一些缺陷：一是不能取得虚假发票的法定证据；二是当发票数量较多时，查询效率较低；三是该方法要求被审计单位必须具备相应的网络、通信环境；四是手写版发票，特别是国税发票只能显示开票单位，不能显示开票金额；五是目前虚假或钓鱼的发票查询网站较多，容易得出错误的结果；六是异地查询比较困难。为了确保真实性，当遇到金额大且数量多的可疑发票时，审计人员应到税务部门比对开票金额，必要时可申请税务部门进行发票真伪鉴定。
　　（四）鉴定是关键。发票鉴定是鉴别、认定发票真伪的重要途径和手段，由此形成的发票鉴定结论是审计机关确定被审计单位使用虚假发票违法事实的关键证据。《发票管理办法实施细则》明确规定“用票单位和个人有权申请税务机关对发票的真伪进行鉴别。收到申请的税务机关应当受理并负责鉴别发票的真伪；鉴别有困难的，可以提请发票监制税务机关协助鉴别”。审计部门商请税务部门进行虚假发票鉴定的主要程序为：填写《发票鉴定申请书》→编写发票鉴定申请清单（主要包括发票名称、发票分类代码、发票号码、金额等内容）→向税务机关提交被鉴定发票的原件、复印件等资料→税务机关受理并鉴定→出具发票鉴定结论文书。在某电信企业审计中，审计人员通过网络查询，发现该企业存在大量可疑的佣金代理发票，先按照佣金代理费用明细账找出全部发票，制定表格并复印发票，将表格、发票原件、复印件交给发票印制企业进行鉴定，再由税务部门盖章确认，最终发现该企业大量使用虚假代理佣金发票的问题线索。此外，如果涉及可疑发票数量较少、金额较小，可以采用由提供发票者换发票或出具证明的方式来确认虚假发票。
　　（五）追踪是突破口。假发票带来更为严重的问题是大量资金尤其是财政资金被转移到各种各样的公司，经过一圈“清洗”后，形成“小金库”，被相关人员贪污、私分、挪用、行贿等。为此，审计人员应该重点关注通过假发票报销套取资金甚至洗钱的问题。一是关注付款方式为现金的可疑发票。根据现金管理规定，1000元以上支出一般都应通过银行转账方式支付，如果采用现金支付，应重点核实资金的去向。二是关注使用多个单位发票报销但只开具一张支票结算，或者外地发票报销但使用支票结算的情况，追踪支票流向，核实有无通过假发票套取资金的问题。三是关注发票出具单位的经营范围与发票开具的业务内容是否存在逻辑上的不合理，特别是大型购物商场开具的办公用品发票，是否存在购买购物卡但开具办公用品发票的问题。四是核对持票人身份与票据物品的关系一致性。如某些财会用品发票非财务人员经手，大额办公用品非办公室人员经手，大额修车费非司机经手等，这种发票大多存在违规或违法支出。五是同银行、工商、税务部门联系，核对是否在工商注册，是否将资金打入发票单位，并配合座谈走访等办法核实发票的真伪。