政府采购内部控制主要是指依据国家相关法律制度规定，对政府采购当事人实施政府采购的全过程及采购结果进行监督管理的行为。根据财政部第87号令，采购人应当按照行政事业单位内部控制规范要求，建立健全本单位政府采购内部控制制度，在编制政府采购预算和实施计划、确定采购需求、组织采购活动、履约验收、答复询问质疑、配合投诉处理及监督检查等重点环节加强内部控制管理。采购单位做好内部控制，规范政府采购工作，可以从以下四个步骤进行。
    （一）梳理风险点
    政府采购的具体实施过程，是采购单位政府采购业务顺利开展的关键一环，重点首先应当支撑起政府采购内部控制架构。政府采购内部控制落实到具体采购单位，涉及面是全方位的，既包括单位采购部门、财务部门、资产管理部门、用户以及纪委（纪检监察），也包括外部因素，如供应商、采购代理机构、外贸代理公司等。每一个环节都存在或大或小的风险控制点。如采购部门、用户部门、委托代理机构、供应商等，容易产生权利寻租行为，是采购单位内部控制建设中应当重点关注的风险点。
    采购单位应当明确政府采购归口管理部门，明确各部门在政府采购工作中的职责，把握不相容岗位相互分离职责的原则，“不缺位、不越位”，形成相互促进、相互制约的有效内控机制。有条件的单位内部审计和纪委可以在政府采购活动中进行全程监督，及时发现、制止通过各种形式规避公开招标、涉嫌舞弊的采购行为，从而有效防范采购单位政府采购的风险。
    （二）完善内部控制制度
    采购单位应当根据各单位实际情况制定、完善政府采购内部控制制度，有效防范风险。由于国家层面的政府采购法律法规大都比较宏观，采购单位可以按照国家的制度框架内，单独制定政府采购的内部控制制度，建立有效的政府采购内部控制机制。
    在具体工作中，应当形成采购实施部门、资产管理部门、财务核算部门、纪检监察、审计部门相互监督、相互制约的制度，努力构建采购单位坚实的政府采购 “防火墙”。
    （三）规范采购程序
    采购单位应当依据我国法律法规，正确选择政府采购方式。政府集中采购目录以内的品目，必须严格按照程序由政府采购中心实行集中采购。政府集中采购目录以外、限额标准以上的采购项目严格执行政府采购制度。
    在实际工作中，有的采购人把达到公开招标数额标准的政府采购项目人为进行分割，使得每个项目的预算金额都未达到法定的公开招标的数额标准，以此来达到化整为零，规避招标采购的目的。对此，《中华人民共和国招投标法》、《中华人民共和国政府采购法》都有明确的禁止性规定。
    委托采购代理机构实施采购的业务，要注意平衡采购人、代理机构、供应商等多方关系，既要防止采购人自主权过大、也要考察代理机构专业化水平，还要避免代理机构全权包办的情况，另外，也要把握供应商诚信履约体系的有效性。
    (四)加强履约验收
    采购单位对于政府合同的履行，应当建立起联动、跟踪机制，如在合同款项支付上，可由采购实施部门、用户、财务部门根据招标文件、采购合同的约定共同审核；实施财政国库直接支付的采购项目，款项支付还应当报送属地财政专员办审核；合同履约验收，以采购部门为主，评审专家、采购部门共同参与，进行联合验收。
    只有建立起多部门共同配合的有效政府采购监管机制，依据“依法监管、全面监管、全程监管”的原则，健全政府采购内控机制，才能推动采购单位政府采购业务健康、有序的开展。
    《政府采购货物和服务招标投标管理办法》第六条 采购人应当按照行政事业单位内部控制规范要求，建立健全本单位政府采购内部控制制度，在编制政府采购预算和实施计划、确定采购需求、组织采购活动、履约验收、答复询问质疑、配合投诉处理及监督检查等重点环节加强内部控制管理。

    《中央预算单位2017-2018年政府集中采购目录及标准》（国办发〔2016〕96号） 各部门自行采购单项或批量金额达到100万元以上的货物和服务的项目、120万元以上的工程项目应按《中华人民共和国政府采购法》和《中华人民共和国招标投标法》有关规定执行。
    《政府采购法实施条例》第二十八条 在一个财政年度内，采购人将一个预算项目下的同一品目或者类别的货物、服务采用公开招标以外的方式多次采购，累计资金数额超过公开招标数额标准的，属于以化整为零方式规避公开招标，但项目预算调整或者经批准采用公开招标以外方式采购除外。